현행 일선구청의 자체감사는 감사기구의 독립성이 보장돼있지 않고 감사인력태부족과 전문성결여, 기관장의 자체감사에 대한 인식부족 등에 따른 감사업무의 한계등 구조적 문제점을 안고 있다는 분석이 나왔다.중구청이 최근 구청 각 국실과및 동직원들의 구정연찬자료 27편을 심사, 최우수상으로 뽑은 기획감사실 박창식씨(7급 행정주사보)의 '지방자치구 자체감사의 개선방안'에 따르면 현행 자체감사의 경우 "자치단체별 소속공무원들의 학연및 지연, 혈연관계와 상하직급 동료간 간섭과 결탁등으로 인해 감사업무집행에 한계를 노출하고 있다"며 감사기구의 독립성 등을 주장했다.또 현재 일선구청의 감사담당공무원이 대부분 5명내외로 환경순찰업무를 전담하고 있는 직원등을 제외할 경우 실제로 2명의 직원이 구청내 38개 부서의감사및 조사업무를 담당해야하며 모범공무원이나 전문적인 지식을 가진 근무성적양호자를 우선선발한다는 감사요원선발규정이 지켜지지 않아 감사요원들의 전문성도 뒤떨어지고 있는 것으로 지적됐다.
朴씨는 또 감사부서 공무원의 전보제한기간(2년)이 경과할 경우 인사발령을의식한 감사요원들의 눈치보기식 감사로 각종 부조리와 불법사항이 방치, 묵인될 우려가 많고 중앙상급기관의 잦은 중복성 감사및 점검을 위한 업무보조나 각종 민원진정에 따른 수사기관의 조사등으로 인해 자체감사의 활동여력이 극히 부족한 실정이어서 감사불감증과 감사방어적 소극적 업무처리형태가발생하는등 문제점이 심각하다고 했다.
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