사업을 처음 시작하는 신규사업자들 중에는 사업을 준비하면서 관할세무서에 사업자등록을 하지 않고 있다가 영업을 실제로 시작하는 시점에서야 등록하는 경우가 종종 있다.
사업 준비 단계에서 사업장에 지출한 실내장식 비용, 가전제품 구입'설치비 및 비품 구입 비용 등은 사업을 위한 지출이므로 구입이나 설치 시 사업자가 부담한 부가가치세는 돌려받을 수 있으나 이를 소홀하게 다루다 보면 사업자가 부담한 부가가치세를 돌려받지 못하는 경우도 있다.
신규사업자가 사업자등록 신청이 안 된 사업 준비 단계에서 사업과 관련하여 지출한 비용은 신규사업자의 사업자등록이 되지 않았으므로 사업자등록번호가 기재된 세금계산서를 받을 수 없다. 그러나 사업자등록번호 대신 신규사업자의 주민등록번호를 기재한 세금계산서를 받으면 부담한 부가가치세를 돌려받을 수 있다.
그러나 사업자등록 신청일로부터 역산하여 20일이 지난 경우에는 사업자가 부담한 부가가치세액을 돌려받지 못하는 것으로 부가가치세법에 규정하고 있으므로 사업장이 확보되면 즉시 사업자등록을 해 두는 것이 좋다.
신규 사업을 시작하는 자는 사업을 개시하는 날로부터 20일 이내에 사업자등록을 하여야 하며 이 기간 내에 사업자등록을 신청하지 않으면 사업을 개시한 날로부터 사업자등록을 신청한 날이 속하는 예정신고기간, 예정신고기간이 지난 경우에는 당해 과세기간의 매출액에 대해 1%의 가산세를 부담해야 한다.
이와 같은 불이익을 받지 않으려면 사업 준비 단계에서 사업장이 확보되면 개업일과 상관없이 관할세무서에 사업자등록을 신청해야 사업 준비 단계에서 부담한 부가가치세를 돌려받고 사업자 미등록에 대한 가산세 적용도 피할 수 있다.
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