1876년 메이지 정부는 지적(地籍) 편찬 사업을 위해 시마네 현에 울릉도에 대한 조사를 지시한다. 이에 대해 시마네 현은 1696년 막부가 울릉도와 독도를 조선의 영유로 인정한 결정(울릉도쟁계, 죽도일건)이 잘못되었다고 지적하면서 독도와 울릉도를 일본의 지적에 편제할 것을 요청한다. 울릉도쟁계는 1693년 안용복의 도일 사건을 계기로 울릉도와 독도 영유를 둘러싸고 치열하게 전개된 한일 간의 외교 논쟁을 가리키며, 막부는 울릉도와 독도의 조선 영유를 공식적으로 인정했다.
내무성은 시마네 현의 요청은 지적 편찬이 아니라 영토 문제라 판단하고, 울릉도쟁계 관련 기록을 검토하여 1696년의 막부 결정은 정당하며 독도와 울릉도는 일본의 영토가 아니라는 결론을 내린다. 내무성의 결론은 1696년 막부가 인정한 울릉도와 독도에 대한 조선의 영유권을 재확인하고 메이지 정부도 이를 계승해야 한다는 것이었다. 내무성은 이를 태정관에 상신하고, 태정관은 최종적으로 "울릉도와 독도는 일본 땅이 아니다"는 취지의 결정을 내린다. 이것이 1877년 3월의 독도 영유권에 관련한 '태정관지령'(太政官指令)이다. 이 지령을 통해 일본 정부는 17세기 말 이래 확립되어 온 독도의 조선 영유를 다시 확인한 것이다.
태정관의 결정이 내무성과 시마네 현에 대한 '지령'이라는 형태를 띠고 있지만, 영토(주권적) 문제이기 때문에 그 효력은 일본 전체에 미치는 것이었다. 당시 일본의 권력 구조를 규정한 정체서(政體書)에는 "천하의 권력은 태정관에 귀결"된다고 명시되어 있다. 삼권분립이 명확하지 않았던 당시에는 태정관이 국가 최고통치기관으로서 입법, 행정, 사법을 총괄하고 있었고, 태정관지령에 의해 법원의 판결이 무효화되기도 했다. 태정관이 영토(주권적) 문제에 대해 내린 이 지령은, 오늘날에 있어서는 헌법과 같은 의미를 가진 것이다.
그리고 1899년에 발효된 메이지헌법 제76조 "명칭에 관계없이 이 헌법에 모순되지 않는 현행의 법령은 모두 준유(遵由'지키고 따르다)의 효력을 가진다"는 규정에 의해 이 태정관지령은 그 후 계속 효력을 유지한다. 나아가 현재의 일본 헌법에는 영토에 관한 조항이 없기 때문에 '태정관지령'과 모순을 야기하지 않으므로 울릉도와 독도의 조선 귀속을 확정한 1877년의 '태정관지령'은 현재도 유효하다. 태정관지령은 역사가 아니라 지금도 살아있는 것이다.
그렇다면 헌법적 가치를 지닌 '태정관지령'을 무시하고 일본이 1905년 2월 시마네 현 고시를 통해 독도를 편입한 것이 법리적 정당성을 가질 수 있는가에 대해 근본적인 의문이 제기된다. 극단적으로 이야기하면, 일본 정부가 태정관지령의 변경을 명시하지 않은 상태에서 취한 시마네 현 고시는 상위 법령(태정관지령)을 위반한 무효의 행위로 볼 수 있다. 이것은 1696년 이래 200년 이상 계승해온 독도 영유권에 대한 일본 정부의 자기부정이다. 시마네 현 고시는 일본의 독도 영유권 주장의 기장 근본적인 증거이다. 시마네 현의 고시가 무효라면 일본의 독도에 대한 영유권 주장은 전적으로 근거를 상실한다. 이러한 의문이 성립하면 한일 간의 지루한 독도 논쟁은 해결의 기미를 보일 것으로 기대되며, 독도 문제는 역사적으로 재구성되어야 한다.
위와 같은 주장은 태정관과 태정관지령의 분석 작업을 1차적으로 마무리하면서 얻은 결론이다. 아직은 거칠게 문제 제기를 하는 단계이며 보다 정치한 이론화 작업이 필요하다. 독도 문제는 울릉도쟁계-태정관지령-시마네 현 고시를 축으로 하여 근세 이후 한일 간의 국경 문제라는 관점에서 일관성 있게 재구성되어야 한다.
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